בתחילת יולי 2020 פנה משמר הדמוקרטיה ליועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, בדרישה כי יורה לשר פרץ כי כהונתו כשר בממשלה מנוגדת לדין וכי קיימת מניעה משפטית בדבר המשך כהונתו כשר.
הוראת סעיף 6 לחוק-יסוד: הממשלה מורה לנו אודות כשירותם של השרים וקובעת מספר תנאים בהקשר זה. בתוך כך, קובע סעיף 6(ה) לחוק היסוד כי חבר הכנסת שפרש מסיעתו ולא התפטר מכהונתו סמוך לפרישתו, לא יהיה לשר בתקופת כהונתה של אותה כנסת. לעניין סעיף קטן, "פרישה מסיעה" מוגדרת בסעיף 6א לחוק-יסוד: הכנסת הקובע כדלהלן – "לרבות הצבעה במליאת הכנסת שלא בהתאם לעמדת הסיעה בעניין הבעת אמון לממשלה או אי-אמון בה; ואולם הצבעה כאמור לא תיחשב כפרישה אם חבר הכנסת לא קיבל כל תמורה בעד הצבעתו.
דברי חקיקה אלו נעשו במסגרת תיקון 12 לחוק-יסוד: הכנסת ותיקונים עדיפים שנעשו בצוותא יחד עמו ובהם חוק הבחירות וחוק-יסוד: הממשלה. הוראות תיקון 12 בכללותן נועדו להסדיר את מערכת היחסים שבין הסיעה ובין חבריה וכי הסנקציות שנקבעו במסגרת התיקון, נועדו למנוע "פרישה" כהגדרתה בחוק יסוד: הכנסת, להבדיל מהתפלגות כמשמעותה בחוק הכנסת, ומקל וחומר הם מבדילים בהקשר זה התמזגות של סיעה שלמה בסיעה אחרת. הרציונאל שביסוד תכלית זו הוא כי חבר כנסת נבחר במסגרת סיעה מסוימת בשל חברותו באותה סיעה. על כן פרישתו ממנה מהווה מעילה באמון שנתן בו הציבור. עם זאת, והגם שתופעת הפרישות הפוליטיות הטרידה את המערכת הפוליטית מראשיתה, הכנסת נמנעה לא רק מחסימת התפלגות מסיעה בתנאים שנקבעו בתיקון 12. היא נמנעה גם מחסימת דרכו של חבר בסיעה המבקש לפעול על פי צו מצפונו בניגוד למשמעת הסיעתית. על כן, הסנקציות שנקבעו בתיקון 12 הטילו מגבלות רק על פרישה תועלתית אסורה הנבחנת על פי התמורה שמקבל הפורש, המוגדרת בסעיף 6א לחוק היסוד.
ההסדר הניצב בתיקון 12 נועד לצמצם את האפשרות שחבר כנסת שנבחר במסגרת רשימת מועמדים מסוימת יפרוש מסיעתו יחד עם המנדט שנתן ציבור הבוחרים לרשימה ממנה פרש, ויפעל בכנסת באופן המנוגד למצעה ולעמדותיה של הסיעה, תוך סיכול רצון הבוחר. כל זאת, מתוך תפיסה כי פרישה כזו פוגעת במוסד המפלגה, בעיקרון הייצוגיות בדמוקרטיות, ברצון הבוחר ובאחריותיות הדמוקרטית.
ח"כ פרץ הצביע בעד כינון הממשלה הנוכחית בניגוד לסיעת ימינה, שחבריה הצביעו נגד – ובתמורה חתם ביום 15 במאי 2020 על הסכם עם ראש הממשלה, בנימין נתניהו, לפיו יכהן כשר לענייני ירושלים ומורשת, כי תוסדר פעילות ותקצוב של מערכת החינוך הממלכתית דתית בבסיס התקציב ותקנות החמ"ד, וכי ח"כ פרץ ימשיך את תפקידו כמשקיף בקבינט המדיני-בטחוני ויהיה חבר בוועדת השרים לחקיקה.
בתגובה להסכם הקואליציוני ולתמורה שקיבל ח"כ פרץ בגין הצטרפותו לממשלה, פרסמה סיעת ימינה הודעה לעיתונות כי הסיעה מגישה בקשה להתפלגות, אף למיטב ידיעת עמותת משמר הדמוקרטיה, בקשה כאמור מעולם לא הוגשה וברשומות הכנסת מופיע מר פרץ כחבר כנסת מטעם סיעת ימינה.
הוראת סעיף 6 לחוק-יסוד: הממשלה, לפיה חבר כנסת שפרש מסיעתו ולא התפטר מכהונתו סמוך לפרישתו לא יוכל לכהן כשר באותה כנסת, קובעת כי ההוראה לא תחול על התפלגות סיעה בתנאים שנקבעו בחוק. אולם כפי האמור לעיל, לוועדת הכנסת לא הוגשה בקשת התפלגות מטעם סיעת ימינה.
על-פי הוראת סעיף 60(א) לחוק הכנסת, תשנ"ד-1994, אם נמסרה לוועדת הכנסת הודעה בכתב מטעם סיעה או חלק ממנה על התפלגות, תאשר וועדת הכנסת את השינוי. בהתאם לאמור בסעיף 61(א) לחוק הכנסת, העוסק בפרישה מסיעה, הרי שהחוק מגדיר כי אם פרש חבר הכנסת מסיעתו שלא במסגרת התפלגות, תקבע ועדת הכנסת בישיבה שבסמוך לאחר הפרישה ולאחר שנתנה לחבר הכנסת להשמיע את טענותיו, את דבר פרישתו, וכן את השינוי במספר חברי אותה סיעה.
למיטב ידיעת משמר הדמוקרטיה הישראלית, וועדת הכנסת לא דנה בעניין פרישתו של ח"כ פרץ מסיעת ימינה.
ניכר בנסיבות שתוארו כי ח"כ רפאל פרץ פרש מסיעתו, בהתאם להגדרה המנויה בסעיף 6(ה) לחוק-יסוד: הממשלה ומשכך אין יכול הוא לכהן כשר בתקופת הכנסת ה-23.